Vaksinasjon virker ved å introdusere en svekket eller inaktivert form av et patogen i kroppen. Dette gjør at immunsystemet kan gjenkjenne og utvikle antistoffer mot patogenet uten å forårsake sykdom. Ved influensavirus fører vaksinasjon typisk til produksjon av antistoffer som er spesifikke for influensavirusstammene som inngår i vaksinen. Disse antistoffene kan da bidra til å beskytte individet mot infeksjon med disse stammene av influensavirus.