* Lungene
* Luftveier (bronkier, bronkioler)
Neurologisk system:
* Hjerne
* Meninges (beskyttende dekning av hjernen og ryggmargen)
Kardiovaskulært system:
* Hjerte
* Blodårer
Muskuloskeletalsystemet:
* Muskler
* Ledd
Gastrointestinale system:
* Spiserøret
* Magen
* Tarmer
Genitourinary System:
* Nyrer
* Blære
* Reproduktive organer
Hud:
* Kan forårsake utslett
Øyne:
* Konjunktivitt (pinkeye)
I alvorlige tilfeller kan H1N1-viruset føre til livstruende komplikasjoner som lungebetennelse, akutt respiratorisk distress syndrome (ARDS), sepsis og multiorgansvikt.