Posisjonen til kroppen for en koloskopi er typisk liggende på venstre side med knærne bøyd og trukket opp mot brystet. Denne posisjonen bidrar til å åpne opp tykktarmen og gjøre det lettere for koloskopet å settes inn og flyttes rundt. Pasienten kan også bli bedt om å snu seg på ryggen eller å ligge på høyre side under prosedyren.