ABPA følger vanligvis et kronisk tilbakefallsforløp med vekslende perioder med eksacerbasjoner og remisjoner. Prognosen for pasienter med ABPA er generelt gunstig. Flertallet av pasientene responderer godt på behandling med systemiske kortikosteroider og kan oppnå langvarig remisjon. Noen pasienter kan imidlertid oppleve tilbakevendende eksaserbasjoner eller utvikle kronisk lungeskade, noe som fører til en nedgang i lungefunksjonen over tid. I sjeldne tilfeller kan ABPA utvikle seg til sluttstadium lungesykdom og respirasjonssvikt, noe som krever lungetransplantasjon.
