Hånd-, fot- og munnsykdom er ikke forårsaket av bakterier, men av virus. Spesielt er det forårsaket av flere stammer av coxsackievirus, som er en type enterovirus. Disse virusene kommer inn i kroppen gjennom munnen eller luftveiene og formerer seg deretter i mage-tarmkanalen og halsen. Infeksjonen sprer seg vanligvis gjennom nærkontakt med noen som allerede er smittet, ofte gjennom kroppsvæsker som spytt eller væske fra blemmer på hender og føtter.
