Pasienter er vanligvis sederte og reagerer ikke på smerte under intubasjon. Noen pasienter kan imidlertid oppleve ubehag eller en kneblefølelse under prosedyren, og noen få kan til og med beholde en viss bevissthet under intubasjon. For disse pasientene kan sonden forårsake en mild til moderat ubehagelig følelse i halsen og luftveiene. For å minimere potensielt ubehag bruker medisinske fagfolk ulike teknikker og medisiner for å sikre pasientens komfort under og etter intubasjon.