Selv mudre garn ikke plukke opp alle bunnlevende planter , det handler om å mudre høsting kan likevel skade eller drepe mange vannplanter . Uten disse plantene filtrering av vann og som gjennomgår fotosyntesen, kan vannkvaliteten reduseres raskt . Den reduserte hastighet av foto kan føre til en nedsatt konsentrasjon av oppløst oksygen i vannet, noe som kan gjøre det habitat uegnet for visse organismer. Dette kan også føre til tap av biologisk mangfold i området .
Tap av Rugosity
En sentral del av mange akvatiske økosystemer er rugosity av habitat . Rugosity er kompleksiteten av elvebunnen eller havbunn; en mer kompleks overflaten gjør at flere nisjer for ulike organismer . Når mudre høsting skjer, er havbunnen ofte skrapes ren , fjerne steiner, planter , logger og andre gjenstander som kan ha gitt et habitat for marine skapninger . Uten at labyrint av tilfluktsrom for beskyttelse mot rovdyr og sterke tidevannet , kan mange arter ikke overleve .
Turbidity
Når noe blir dratt langs sediment - dekket havbunnen , fører det jord, sand og silt for å bli suspendert i vann. Dette fører til at vannet skal vises brun og regn . Mudring kan forårsake midlertidig turbiditet , som kan desorientere mange marine organismer og føre dem til å ha problemer med å absorbere oksygen . Turbiditet kan også føre til redusert lys infiltrasjon i vannet , noe som kan redusere fotosynteseaktiviteten av grønne planter eller planteplankton , forårsaker lavere oksygenkonsentrasjoner.