Et apoenzym er et proteinmolekyl som mangler sin kofaktor eller koenzym, og som derfor ikke kan katalysere en kjemisk reaksjon. Koenzymer og kofaktorer er ikke-proteinmolekyler som er nødvendige for riktig funksjon av enzymer. De kan være metallioner, organiske molekyler eller andre uorganiske forbindelser.
Når et apoenzym binder seg til sin kofaktor eller koenzym, blir det et aktivt enzym, og kan katalysere en spesifikk kjemisk reaksjon. Kofaktoren eller koenzymet kan delta direkte i reaksjonen, eller det kan bidra til å stabilisere enzymstrukturen og skape det riktige miljøet for at reaksjonen skal skje.
Noen enzymer krever bare en enkelt kofaktor eller koenzym, mens andre kan kreve flere kofaktorer eller koenzymer for å fungere ordentlig. Kofaktorer og koenzymer resirkuleres vanligvis i løpet av en enzymreaksjon, så de trenger ikke å bli konsumert i støkiometriske mengder.