Scrubs kommer i en rekke farger, men de vanligste fargene er blå, grønn og hvit. Andre populære farger inkluderer rosa, lavendel og gul. Fargen på en skrubbetopp eller bukser velges vanligvis basert på brukerens personlige preferanser eller kleskoden til helseinstitusjonen der de jobber. Scrubs-farger velges ofte for å være praktiske og profesjonelle. For eksempel har mørke farger som marineblått og svart en tendens til å skjule smuss og flekker bedre, mens lyse farger som hvitt og lyseblått er mer reflekterende av lys og kan bidra til å holde brukeren kjølig i varme omgivelser. Noen sykehus og helseinstitusjoner har også spesifikke fargekodesystemer for forskjellige avdelinger eller jobbroller, for eksempel bruk av grønne skrubber for kirurger eller blå skrubber for sykepleiere.
