For de som ble smittet, oppsto symptomene vanligvis innen 2 til 5 dager etter eksponering for pestbasillen. De første symptomene inkluderte feber, hodepine, frysninger og ekstrem svakhet. Etter hvert som sykdommen utviklet seg, ville hovne lymfeknuter, kjent som buboer, dukke opp i armhulene, lysken eller nakken. Disse buboene ville ofte sprekke og frigjøre puss og blod. I alvorlige tilfeller vil pesten også forårsake indre blødninger, misfarging av huden og delirium.
Den nøyaktige tiden svartedaudens ofre overlevde er ikke godt dokumentert. Samtidige beretninger tyder imidlertid på at flertallet av de smittede døde innen en uke etter symptomdebut. Noen individer, spesielt de med sterkt immunsystem, var i stand til å overleve i lengre perioder. Men selv i disse tilfellene var sjansene for å overleve små.
Svartedauden var en ødeleggende pandemi som krevde millioner av liv. Hastigheten som sykdommen drepte med bidro til den utbredte frykten og panikken som fulgte med pandemien. Det gjorde det også vanskelig for lokalsamfunn å ta vare på de syke og begrave de døde, noe som ytterligere forverret virkningen av sykdommen.