Dødeligheten av fugleinfluensa varierer avhengig av virusstammen og fuglearten som er smittet. For eksempel har H5N1-stammen av fugleinfluensa, som dukket opp i 1997, en dødelighet på opptil 100 % hos enkelte fuglearter. Imidlertid har andre stammer av fugleinfluensa, som H7N9-stammen, en mye lavere dødelighet.
I tillegg til de direkte effektene av viruset, kan fugleinfluensa også ha en betydelig innvirkning på fjørfeindustrien. I noen tilfeller kan det være nødvendig å avlive hele flokker med kyllinger eller kalkuner for å hindre spredning av sykdommen. Dette kan resultere i betydelige økonomiske tap for bønder og andre virksomheter involvert i fjørfenæringen.
Samlet sett er fugleinfluensa en alvorlig sykdom som kan ha en betydelig innvirkning på både ville og tamme fugler. Mens dødeligheten varierer avhengig av virusstammen og fuglearten som er infisert, er det klart at fugleinfluensa kan være en ødeleggende sykdom.