Hovedfaktoren som bidrar til den negative effekten av fluorescerende lys på enkelte individer er flimringen av lysene. I tradisjonell fluorescerende belysning slår en elektrisk strøm lyset raskt av og på med en frekvens på typisk 60 ganger per sekund. Dette skjer så raskt at de fleste ikke oppfatter det bevisst, men individer som er følsomme for lys eller med visse visuelle forhold kan oppleve ubehag.
Flimringen av fluorescerende lys kan forårsake ulike symptomer, som hodepine, belastning på øynene, kvalme og problemer med å fokusere. Disse symptomene kan være mer uttalt hos personer med visse tilstander som migrene, lysfølsom epilepsi eller synsforstyrrelser. Tilstanden kan lindres ved å bytte til en annen type belysning, redusere tiden brukt under fluorescerende lys, eller ta andre tiltak for å dempe flimringseffektene.
I tillegg kan fargekvaliteten og spekteret til fluorescerende lys også bidra til ubehag hos enkelte individer. De kan virke tøffere eller forårsake fargeforvrengning sammenlignet med andre lystyper. Dette kan øke de negative effektene på øynene, og føre til symptomer som hodepine og kvalme.