Magesyre, en svært sur løsning som finnes i magen, retter seg først og fremst mot proteiner for nedbrytning. Proteiner, essensielle komponenter i levende organismer, er store biomolekyler som består av aminosyrer koblet sammen med peptidbindinger. Det svært sure miljøet av magesyre, oppnådd gjennom sekresjon av saltsyre (HCl), denaturerer proteinene og forstyrrer deres strukturelle integritet. Dette svekker proteinstrukturen og lar dem deretter brytes ned til mindre fragmenter av enzymer kjent som proteaser. Proteaser virker ved å hydrolysere peptidbindinger, og letter fordøyelsen av proteiner til individuelle aminosyrer eller små peptider. Disse resulterende mindre molekylene kan deretter lett absorberes videre langs fordøyelseskanalen.