For å skille fragmenter av DNA, med det formål å måle deres størrelse eller for å isolere et bestemt fragment , forskere satte DNA i en agarosegel neddykket i en løsning som er ladet med en elektrisk strøm . Den aktuelle skyver DNA-fragmentene inn i gelen , og fordi gelen er porøs , mindre fragmenter DNA orm seg gjennom raskere. De reiser lenger enn større fragmenter i samme tidsperiode.
Formål
DNA er fargeløs når den er i oppløsning i et reagensrør. For at prøven lettere å se , både i testrøret , og i gelen ved å legge til et farget fargestoff relativ til prøven . Fargestoffet påvirker ikke DNA i det hele tatt .
Tracking
Den vanlige sporing fargestoff er bromfenolblå i en 50 - prosent glyserol løsning . Bromfenol blå farger prøven lyse blå , slik at det er lett å følge fremgangen gjennom gelen. Når sporingsfargen har reist om lag 3/4 av lengden på gel , er det på tide å slå av elektrisk strøm .
Tetthet
sporing fargestoff er tett på grunn av sin høye konsentrasjon av glycerol. Det gjør DNA-prøvene synke ned i laste sporene på gel, i stedet for å flyte i løsningen ovenfor gel som bærer den elektriske strømmen.
Dye Migration
bromfenolblått vandrer gjennom en agarose løsning på omtrent samme hastighet som en DNA-tråd som inneholder 300 basepar . Hvis du ønsker å spore fremdriften av større DNA-trådene , kan du bruke en sporing fargestoff med xylen cyanol , som vandrer på omtrent samme hastighet som en DNA-tråd med 4000 basepar .