I tillegg har menn bare én kopi av FMR1-genet, som er ansvarlig for å produsere et protein som er nødvendig for normal utvikling. Hvis dette genet er mutert eller mangler, vil menn ha Fragilt X-syndrom. Kvinner, på den annen side, kan ha ett mutert FMR1-gen og fortsatt ha den andre kopien for å gi det nødvendige proteinet, noe som reduserer sannsynligheten for å utvikle syndromet.
Det skjøre X-kromosomet er mer sannsynlig å være ustabilt og gå i stykker hos menn enn hos kvinner, noe som fører til full mutasjon, som forårsaker Fragilt X-syndrom.