Det spesifikke genet som er ansvarlig for Prader-Willi syndrom er ennå ikke identifisert. Imidlertid har flere kandidatgener blitt foreslått, inkludert:
* SNRPN (liten nukleært ribonukleoprotein polypeptid N):Dette genet koder for et protein som er involvert i sammenstillingen av spleisosomer, som er ansvarlige for å fjerne introner fra pre-messenger RNA.
* MAGEL2 (moderlig uttrykt gen 2):Dette genet koder for et protein som er involvert i reguleringen av cellevekst og differensiering.
* NDN (necdin):Dette genet koder for et protein som er involvert i reguleringen av nevronal migrasjon og differensiering.
Ytterligere forskning er nødvendig for å identifisere det spesifikke genet eller genene som er ansvarlige for Prader-Willi syndrom.