HIV ødelegger ikke hjerneceller og forårsaker forvirring og hukommelsestap. I stedet kan HIV infisere cellene som støtter hjerneceller, og dermed indirekte påvirke hjernen. I noen tilfeller kan HIV føre til en tilstand kjent som HIV-assosierte nevrokognitive lidelser (HAND), som kan forårsake en rekke kognitive problemer, inkludert forvirring, hukommelsestap, vansker med å tenke og konsentrere seg, og endringer i personlighet og atferd. HAND er imidlertid ikke forårsaket av at HIV direkte ødelegger hjerneceller.