Underernæring: Cøliaki skader tynntarmen, som er ansvarlig for å absorbere næringsstoffer fra maten. Som et resultat kan personer med cøliaki som ikke følger en glutenfri diett utvikle underernæring. Dette kan føre til en rekke problemer, inkludert tretthet, vekttap, diaré og anemi.
Osteoporose: Cøliaki kan forstyrre absorpsjonen av kalsium og vitamin D, som er avgjørende for beinhelsen. Som et resultat har personer med cøliaki økt risiko for å utvikle osteoporose, en tilstand som fører til at bein blir svake og sprø.
Infertilitet: Cøliaki kan skade reproduktive organer, og føre til infertilitet hos både menn og kvinner.
Autoimmune lidelser: Cøliaki er en autoimmun lidelse, som betyr at kroppens immunsystem angriper sitt eget vev. Personer med cøliaki har økt risiko for å utvikle andre autoimmune lidelser, som diabetes type 1, skjoldbruskkjertelsykdom og revmatoid artritt.
Kreft: Cøliaki er assosiert med økt risiko for visse typer kreft, inkludert lymfom, tynntarmskreft og tykktarmskreft.