Mens CT-hjerneskanninger ikke rutinemessig brukes til diagnostisering av migrene, kan de være nyttige for å utelukke andre potensielle årsaker til hodepine, som for eksempel blødninger, svulster eller andre strukturelle abnormiteter. I visse situasjoner kan en CT-hjerneskanning bestilles hvis migrenesymptomene er alvorlige eller atypiske, hvis det er nye eller progressive nevrologiske symptomer, eller hvis det er bekymring for potensielle underliggende strukturelle abnormiteter. I tillegg kan CT-hjerneskanninger være nyttige for å evaluere komplikasjoner av migrene, for eksempel cerebral venetrombose eller posterior reversibelt encefalopatisyndrom (PRES).
