Den teoretiske årsaken til kugalskap er forbruket av forurenset fôr av storfe. Kyr som fôres med kjøtt- og benmel laget av rester av andre dyr, som sauer eller kyr, står i fare for å pådra seg BSE. Dette er fordi de unormale prionene kan overleve gjengivelsesprosessen som brukes til å lage kjøtt-og-benmel og forbli smittsomme. Når storfe spiser forurenset fôr, kommer de unormale prionene inn i kroppene deres og formerer seg, noe som fører til utvikling av BSE.
Sykdommen rammer først og fremst hjernen og ryggmargen til storfe, og forårsaker en rekke nevrologiske symptomer, inkludert bevegelsesvansker, koordinasjonsproblemer og atferdsendringer. Etter hvert som sykdommen utvikler seg, blir hjernevevet svampete og skadet, noe som fører til en nedgang i kognitiv funksjon og til slutt død.
Det er verdt å merke seg at BSE ikke er en smittsom sykdom i tradisjonell forstand. Det spres ikke gjennom luften eller ved direkte kontakt med infiserte dyr. Snarere overføres det gjennom inntak av forurenset fôr. Det er implementert strenge regler for produksjon og bruk av dyrefôr for å hindre spredning av BSE og beskytte helsen til både dyr og mennesker.