Det er tre vanlige årsaker til hypotyreose. Hashimotos tyreoiditt er en kronisk autoimmun tilstand hvor kroppens immunsystem feilaktig angriper sin egen skjoldbruskkjertel. Graves sykdom er en annen autoimmun sykdom som forårsaker betennelse i skjoldbruskkjertelen og noen ganger kan gå over til hypotyreose etter behandling eller spontant. Postpartum tyreoiditt er den siste, som oppstår noen måneder før eller etter fødsel, og selv om den vanligvis retter seg av seg selv i løpet av få måneder eller år, utvikler den seg noen ganger til permanent hypotyreose som krever en livslang behandling.
