Elektronmikroskopi er den vanligste metoden. Denne teknikken bruker en stråle av elektroner for å lage et detaljert bilde av viruset. Elektronmikroskopi kan avsløre virusets størrelse, form og overflateegenskaper.
Negativ farging er en annen teknikk som kan brukes til å visualisere bakteriofag. Denne teknikken innebærer farging av viruset med et tungmetall, for eksempel uranylacetat. Tungmetallet binder seg til virusets overflate, slik at det ser mørkt ut mot en lys bakgrunn.
Fluorescensmikroskopi kan også brukes til å se bakteriofag. Denne teknikken innebærer farging av viruset med et fluorescerende fargestoff. Når viruset belyses med ultrafiolett lys, fluorescerer fargestoffet, noe som gjør viruset synlig.
Fagvisning er en teknikk som kan brukes til å visualisere bakteriofag som uttrykker spesifikke proteiner. Denne teknikken innebærer å smelte sammen et gen som koder for et protein av interesse, til et gen som koder for et bakteriofagkappeprotein. Når bakteriofagen uttrykkes, vises proteinet av interesse på overflaten av viruset. Fag-visning kan brukes til å identifisere proteiner som interagerer med spesifikke reseptorer eller ligander.
Bakteriofager kan også sees ved hjelp av mørkefeltsmikroskopi . Denne teknikken bruker en kondensator som blokkerer direkte lys fra mikroskopet, slik at bare lys som er spredt eller reflektert av bakteriene er synlig. Dette kan gjøre det lettere å se bakteriofager, som vanligvis er veldig små og gjennomsiktige.
Bakteriofager kan også sees ved hjelp av et fasekontrastmikroskop . Denne teknikken bruker en spesiell kondensator og objektivlinse som tillater visualisering av forskjeller i brytningsindeksen til forskjellige materialer. Dette kan gjøre det lettere å se bakteriofager, som har en annen brytningsindeks enn det omkringliggende mediet.