Influensa-B-virus må nå luftveiene for å overleve. Luftveiene er det primære infeksjonsstedet for influensavirus, inkludert influensa B. Viruset kommer inn i kroppen gjennom nesen eller munnen og beveger seg nedover luftveiene, hvor det infiserer cellene i nesen, halsen og lungene. Viruset replikerer seg i disse cellene, og forårsaker symptomer på influensa, som feber, hoste, sår hals og rennende nese.