Under en ERGD settes et tynt, fleksibelt rør kalt et endoskop inn gjennom munnen og føres inn i spiserøret, magesekken og tolvfingertarmen. Endoskopet har et kamera og lyskilde på spissen, som lar legen visualisere slimhinnen til disse organene og identifisere eventuelle unormaliteter. Om nødvendig kan legen bruke endoskopet til å ta vevsprøver (biopsier) eller utføre terapeutiske inngrep som fjerning av polypper eller 止血.
ERGD utføres vanligvis på poliklinisk basis, og pasienter opplever vanligvis minimalt ubehag under inngrepet. Det regnes som et trygt og effektivt diagnostisk og terapeutisk verktøy, men som med enhver medisinsk prosedyre, er det noen risikoer og potensielle komplikasjoner forbundet med ERGD, for eksempel mindre blødninger, infeksjoner eller perforering av organene som undersøkes. Derfor er det viktig å diskutere fordelene og risikoene ved ERGD med en lege før du gjennomgår prosedyren.