Mens leger bruker mikroskoper som en del av sine diagnostiske prosedyrer, stoler de ikke bare på dem for å avgjøre om noen er friske. Mikroskopi er et verktøy som lar leger undersøke prøver tatt fra kroppen, for eksempel blod-, urin- eller vevsbiopsier, på et mikroskopisk nivå. Det kan bidra til å identifisere tilstedeværelsen av mikroorganismer som bakterier, virus eller parasitter, så vel som unormale celler eller andre strukturelle endringer som kan være indikasjoner på sykdommer eller tilstander.
I tillegg kombinerer leger ofte mikroskopiske observasjoner med andre diagnostiske metoder som blodprøver, bildeteknikker og pasienthistorie for å gjøre informerte konklusjoner om en persons helse. Ved å integrere ulike informasjonskilder kan leger gi nøyaktige diagnoser og passende behandlinger for sine pasienter.