Det finnes vaksiner tilgjengelig for å beskytte fjørfe mot visse typer fugleinfluensa. Vaksinasjonsprogrammer iverksettes i regioner der utbrudd er rapportert eller anses som en risiko. Effektiviteten til disse vaksinene kan imidlertid variere avhengig av virusstammen og vaksinasjonsstrategiene som brukes.
For mennesker er det for tiden ingen lisensierte vaksiner spesielt utviklet for å forhindre infeksjon med fugleinfluensavirus. Forskningsarbeid pågår imidlertid for å utvikle vaksiner som kan gi beskyttelse mot potensielle pandemiske stammer av fugleinfluensa.