BBB er svært selektiv i sin permeabilitet, og lar visse stoffer, som oksygen, glukose og vann, passere gjennom samtidig som den blokkerer tilgangen til andre, for eksempel giftstoffer, patogener og de fleste medikamenter. Denne selektiviteten er avgjørende for å opprettholde hjernens funksjon og beskytte den mot skade.
BBB er imidlertid ikke helt ugjennomtrengelig. Noen stoffer, som lipidløselige molekyler og små molekyler som vann og oksygen, kan fritt passere gjennom BBB. I tillegg kan visse proteiner og peptider transporteres over BBB via spesifikke transportmekanismer, for eksempel reseptormediert transcytose.
BBB er også dynamisk og kan gjennomgå endringer som respons på ulike faktorer, som skade, betennelse eller sykdom. Under visse patologiske tilstander kan BBB bli mer permeabel, noe som tillater inntreden av stoffer som normalt vil bli ekskludert. Dette kan ha betydelige implikasjoner for utvikling og behandling av hjernesykdommer.
Totalt sett er BBB en kritisk komponent i CNS som spiller en avgjørende rolle i å regulere hjernens miljø og beskytte den mot skadelige stoffer. Dens selektive permeabilitet er avgjørende for å opprettholde hjernens korrekte funksjon og integritet.