Den største fordelen med et lukket fordøyelsessystem er at det bidrar til å forhindre at skadelige stoffer kommer inn i kroppen. Dette er fordi maten bare introduseres i systemet på ett punkt (munnen), og den kan ikke slippe ut før den har gått gjennom hele fordøyelseskanalen og blitt eliminert som avfall.
I kontrast har noen dyr et åpent fordøyelsessystem der fordøyelseskanalen ikke er et kontinuerlig rør. I stedet er den åpen i den ene enden, vanligvis anus, og mat kan komme inn og ut av systemet gjennom denne åpningen. Denne typen fordøyelsessystem kan være mer effektive til å trekke ut næringsstoffer fra mat, men det har også en høyere risiko for forurensning med skadelige stoffer.
Lukkede fordøyelsessystemer finnes hos alle virveldyr, så vel som hos noen virvelløse dyr, som noen bløtdyr og leddyr.