Tynntarmen er semipermeabel, noe som betyr at den lar noen stoffer passere mens den blokkerer andre. Dette gjør at kroppen kan absorbere næringsstoffer fra maten vi spiser samtidig som det hindrer skadelige stoffer i å komme inn i blodet. Tynntarmen er foret med et lag av epitelceller som har bittesmå porer som kalles tight junctions. Disse tette koblingene lar små molekyler, som vann og glukose, passere gjennom mens de blokkerer større molekyler, som proteiner og fett. Tynntarmen inneholder også et nettverk av blodårer som hjelper til med å absorbere næringsstoffer i blodet.