På den annen side har andre pigghuder, som sjøagurker, en annen type fordøyelsessystem. De har en lang, kveilet tarm som går gjennom kroppen deres. Tarmen er spesialisert for å absorbere næringsstoffer fra inntatt mat. Sjøagurker lever av organisk materiale som finnes i sedimentet, og fordøyelsessystemet deres hjelper til med nedbryting og absorpsjon av disse materialene.
Generelt er pigghuder kjent for å være generalistmatere, noe som betyr at de har et bredt spekter av matkilder. Ulike arter kan spise av alger, detritus, små virvelløse dyr eller til og med andre pigghuder. De spesifikke fordøyelsessystemtilpasningene til hver gruppe lar dem utnytte ulike matkilder og overleve i sine respektive miljøer.