Enzymet som produseres av magen kalles pepsin. Pepsin er et proteaseenzym som bryter ned proteiner til mindre peptider. Det skilles ut av hovedcellene i magekjertlene i magen. Pepsin er aktivt i det sure miljøet i magen, med en optimal pH på rundt 1,5 til 2,0. Det fungerer sammen med andre enzymer som saltsyre og slim for å fordøye maten og forberede den for absorpsjon i tynntarmen.