I tillegg er de konstante områdene i de tunge kjedene forskjellige mellom IgG- og IgM-antistoffer. Disse konstante områdene er ansvarlige for effektorfunksjonene til antistoffer, slik som binding til komplementproteiner eller Fc-reseptorer på immunceller. Forskjellene i de konstante regionene til IgG- og IgM-antistoffer lar dem ha forskjellige effektorfunksjoner.
For eksempel kan IgG-antistoffer binde seg til komplementproteiner og aktivere komplementkaskaden, noe som fører til ødeleggelse av målceller. IgM-antistoffer kan ikke binde seg til komplementproteiner, men de kan binde seg til Fc-reseptorer på immunceller og aktivere dem, noe som fører til frigjøring av inflammatoriske mediatorer.