1)
Viruset muterer raskt. HIV har en svært høy mutasjonsrate, noe som betyr at den raskt kan endre utseende for å unnslippe immunsystemet. Dette gjør det vanskelig for forskere å utvikle en vaksine som kan målrettes mot alle de forskjellige HIV-stammene.
2) Viruset kan skjule seg for immunsystemet. HIV kan infisere celler i selve immunsystemet, noe som gjør det vanskelig for kroppen å få en effektiv respons. Viruset kan også produsere proteiner som forstyrrer immunsystemets funksjonsevne.