Flagellen er sammensatt av en basalkropp, en krok og en filament. Basalkroppen er innebygd i cellemembranen og inneholder motoren som driver flagellen. Kroken er en kort, buet struktur som forbinder basalkroppen med filamentet. Filamentet er en lang, tynn struktur som er ansvarlig for cellens bevegelse.
*E. coli* kan bevege seg enten med eller mot klokken. Når flagellene roterer med klokken, beveger cellen seg i en rett linje. Når flagellene roterer mot klokken, faller cellen. Denne tumblingsbevegelsen lar cellen endre bevegelsesretningen.