Miljøfaktorer: Miljøet kan spille en rolle i hvorvidt et gen kommer til uttrykk eller ikke. For eksempel kan visse gener bare uttrykkes som respons på spesifikke miljøforhold, som temperatur eller lys.
Epigenetiske modifikasjoner: Epigenetiske modifikasjoner er endringer i strukturen til DNA som ikke involverer endringer i selve DNA-sekvensen. Disse modifikasjonene kan påvirke genuttrykk, og kan arves fra en generasjon til den neste.
Genetiske modifikatorer: Genmodifikatorer er gener som kan påvirke uttrykket av andre gener. For eksempel kan en genetisk modifikator øke eller redusere uttrykket av et gen, eller det kan endre tidspunktet for genuttrykk.
Gendosering: Gendosering refererer til antall kopier av et gen som en organisme har. I noen tilfeller kan ufullstendig penetrans være forårsaket av mangel på gendosering. For eksempel, hvis et gen er nødvendig for en bestemt fenotype, og en organisme har bare én kopi av genet, kan det hende at fenotypen ikke kommer til uttrykk.
Ufullstendig penetrans kan gjøre det vanskelig å studere genetikken til en bestemt egenskap. Det kan også gjøre det vanskelig å forutsi fenotypen til et individ basert på deres genotype.