Nitrogenet fra aminosyrenedbrytningen blir primært omdannet til urea i leveren, gjennom prosessen med ureagenese. Urea transporteres deretter til nyrene og skilles ut i urinen. Leveren lagrer ikke nitrogen i noen betydelig mengde. Etter at proteiner er brutt ned, omdannes karbonskjelettene til aminosyrene til energi eller brukes til andre metabolske formål, mens nitrogenatomene frigjøres som urea.