Effektene av en lobotomi kan være ødeleggende. Det kan føre til at en person blir følelsesmessig flat, apatisk og ute av stand til å tenke eller resonnere klart. De kan også oppleve anfall, inkontinens og talevansker. I noen tilfeller kan lobotomi til og med føre til døden.
Bruken av lobotomi har gått betydelig ned de siste årene, og den brukes nå kun i svært sjeldne tilfeller. Det finnes mange andre, mer effektive behandlinger for psykiske lidelser som ikke involverer ødeleggelse av hjernevev.