Sluttproduktene av proteinfordøyelsen er aminosyrer. Proteiner er store molekyler som består av kjeder av aminosyrer. Under fordøyelsen brytes disse proteinene ned til mindre og mindre peptider av enzymer som kalles proteaser. Disse peptidene blir deretter ytterligere brutt ned til individuelle aminosyrer av andre enzymer kalt peptidaser. Aminosyrene tas deretter opp i blodet og brukes av kroppen til å bygge nye proteiner eller til andre metabolske prosesser.