Utskillelse er ikke en funksjon av fordøyelsessystemet. De primære funksjonene til fordøyelsessystemet inkluderer mekanisk og kjemisk nedbrytning av mat til næringsstoffer som kroppen kan absorbere, samt absorpsjon og utnyttelse av disse næringsstoffene. Utskillelsesprosessen, som innebærer fjerning av avfallsstoffer fra kroppen, utføres først og fremst av urinsystemet og luftveiene.