Nerveforsyningen til fordøyelsessystemet leveres av det autonome nervesystemet. Vagusnerven er den primære parasympatiske nerven som innerverer en stor del av fordøyelsessystemet, fra svelget til synkende tykktarm. De sympatiske nervene er sammensatt av thoracolumbar utstrømning (fibre oppstår fra T5-L2 ryggmargssegmenter).
Blodforsyning
Fordøyelsessystemet er i stor grad forsynt av de viscerale grenene av den abdominale delen av aorta og grenene av cøliaki og mesenteriske arterier superior. Leveren er det første organet etter magen som mottar oksygenrikt blod. Cøliakiarterien leverer blod til mage, tolvfingertarm, lever, milt og bukspyttkjertel, mens mesenterial arterien superior forsyner resten av tynntarmen og tykktarmen. Endetarmen og anus forsynes av de nedre endetarmsarteriene.