Sluttproduktene av proteinfordøyelsen er aminosyrer. Proteiner er store molekyler som består av kjeder av aminosyrer. Under fordøyelsen brytes disse proteinene ned til mindre og mindre peptider av enzymer som pepsin, trypsin og chymotrypsin. Disse peptidene brytes deretter ytterligere ned til individuelle aminosyrer av enzymer som karboksypeptidaser og aminopeptidaser. Disse aminosyrene blir deretter absorbert i blodet og kan brukes til å syntetisere nye proteiner eller andre molekyler, eller de kan brytes ned ytterligere for å produsere energi.
