Pepsinet som kommer inn i tynntarmen inaktiveres av tynntarmens alkaliske pH. Pepsin er en sur protease som fungerer optimalt i det sure miljøet i magen. Når den kommer inn i tynntarmen, som har en pH på rundt 8, mister den aktiviteten og klarer ikke lenger å bryte ned proteiner. Bukspyttkjertelen skiller også ut bikarbonat-ioner i tynntarmen, noe som ytterligere bidrar til å nøytralisere den sure chymen og skape et miljø som er mer egnet for de andre fordøyelsesenzymer, som bukspyttkjertelproteaser og lipaser.
