Pepsin er et enzym som produseres i magen. Det er ansvarlig for å bryte ned proteiner til mindre peptider. Pepsin er mest aktivt i det sure miljøet i magen. pH i magen er typisk mellom 1 og 2. Dette er grunnen til at pepsin er i stand til å virke så effektivt i magen.
Hvis pH i magen skulle bli for høy, ville ikke pepsin kunne fungere skikkelig. Dette kan føre til en tilstand som kalles hypoklorhydri, som er en tilstand der magen ikke produserer nok saltsyre. Hypoklorhydri kan føre til en rekke problemer, inkludert fordøyelsesbesvær, malabsorpsjon og bakteriell overvekst.