Derimot er den primære funksjonen til fordøyelsessystemet å bryte ned mat, absorbere næringsstoffer og eliminere avfallsstoffer. Hos de fleste fiskearter inkluderer hovedkomponentene i fordøyelsessystemet munn, spiserør, mage, tarm og fordøyelseskjertler som lever og bukspyttkjertel. Gjennom disse strukturene og fysiologiske prosessene kan fisk konsumere mat, bryte den ned til brukbare næringsstoffer, absorbere disse næringsstoffene for energi og vekst, og drive ut ufordøyd materiale som avfall.
Derfor tjener gjeller en åndedrettsfunksjon, og letter opptaket av oksygen, mens fordøyelsessystemet er ansvarlig for å behandle mat og skaffe essensielle næringsstoffer.