Fedmekirurgi anses vanligvis ikke som et behandlingsalternativ for pasienter med Crohns sykdom. Hovedmålene med å håndtere Crohns sykdom er å indusere og opprettholde remisjon, forebygge eller behandle komplikasjoner, minimere kirurgi og forbedre livskvaliteten. Fedmekirurgi er først og fremst indisert for behandling av alvorlig fedme, snarere enn Crohns sykdom.