Begrepet for fordøyelse i fravær av oksygen er anaerob fordøyelse. Denne prosessen skjer i visse mikroorganismer, som bakterier og archaea, som kan bryte ned organisk materiale uten tilstedeværelse av oksygen. Anaerob fordøyelse brukes ofte i avløpsrenseanlegg og biogassproduksjonsanlegg for å omdanne organisk avfall til biogass, en blanding av metan og karbondioksid, som kan brukes som en fornybar energikilde.
