Fordøyelsessaften som kun virker på proteiner er trypsin. Trypsin produseres av bukspyttkjertelen og skilles ut i tynntarmen. Det er en endopeptidase, som betyr at den spalter peptidbindinger i det indre av proteinmolekyler. Trypsin virker på proteiner som har blitt delvis brutt ned av andre fordøyelsesenzymer, som pepsin fra magen, og omdanner dem til mindre peptider og aminosyrer.