Kjemisk fordøyelse, nedbrytning av mat av enzymer, begynner i munnhulen med virkningen av spyttamylase på stivelse. Når maten når magesekken, møter den magesaft, som inneholder saltsyre og enzymet pepsin. Saltsyren skaper et surt miljø som dreper mikroorganismer og denaturerer proteiner, noe som gjør dem mer utsatt for enzymatisk nedbrytning. Pepsin, en asparaginsyreprotease, starter proteinfordøyelsen ved å bryte ned proteiner til mindre peptider.
