Når magen har brutt ned proteinet til mindre peptider, transporteres disse peptidene til tynntarmen. I tynntarmen skiller bukspyttkjertelen ut enzymer som trypsin, chymotrypsin og elastase, som videre bryter ned peptidene til individuelle aminosyrer. Disse aminosyrene blir deretter absorbert i blodet og transportert til leveren, hvor de brukes til å syntetisere nye proteiner eller brytes ned for energi.