Tynntarmen er der det meste av den kjemiske fordøyelsen skjer. Enzymene som utfører kjemisk fordøyelse kommer fra to kilder:børstekantcellene i tynntarmen og bukspyttkjertelen. Børstekantcellene produserer enzymer som sukrase, laktase og maltase, som bryter ned karbohydrater. Bukspyttkjertelen produserer enzymer som amylase, lipase og protease, som bryter ned henholdsvis karbohydrater, fett og proteiner. Disse enzymene slippes ut i tynntarmen, hvor de blandes med maten og begynner å bryte den ned til mindre molekyler.